לא ידוע בדיוק מתי הופיע לראשונה הידע על הצ’אקרות .מאחר והידע במזרח מועבר בדרך כלל מפה לאוזן אין בנמצא מסמכים כתובים המתארים את האבולוציה של התהליך. הסיבה שהידע הועבר מפה לאוזן נבעה מהעובדה שידע זה ראוי להינתן רק למי שקיבל הכשרה מתאימה במשך שנים רבות והגיע לצלילות פנימית ואיזון (בלאס,1997) . החל מהמאה השביעית לספירה מופיעים בהודו פסלים המתארים את הצ’אקרות. לא ידוע מי צייר לראשונה את הצ’אקרות כפי שהן מופיעות כיום בספרים ובציורים  אולם ההנחה הרווחת היא שמקור הצורות הללו בחזיונות שראו היוגים בעיני רוחם..
למילה צ’אקרה פירושים רבים בסנסקריט, ביניהם - גלגל של מרכבה, גלגל קדרות, מעגל אסטרונומי וכו’. כאשר מדברים ביוגה על הצ’אקרות מתכוונים למרכזי אנרגיה הממוקמים בתוך מסלול אנרגיה מרכזי הנקרא שושומנה אשר נמצא בתוך עמוד השדרה. בספרי הטנטרה נאמר שגודלם של מרכזים אלו כגודל חלקיק השערה (בלאס, 1997). בהיות הצ’אקרה עדינה מאוד לא ניתן לראותה בעיניים רגילות ואף לא בעזרת המכשירים האלקטרונים המתוחכמים ביותר. לפי השקפת היוגה ניתן לראות את הצ’אקרות רק במצב של ריכוז עמוק ובמדיטציה. (Sivananda,1994)
הצ’אקרות זעירות אפילו מהאטום וחלקיו.  האטום כידוע מכיל בתוכו כמות עצומה של אנרגיה וכמו כן גם הצ’אקרות שעדינותן היא אינסופית(Goswami,1980) . קיימת השקפה לפיה, הצ’אקרות אינן אלא דמיוניות בלבד. זאת בגלל העובדה, שלא ניתן לראותם באופן חיצוני, או למצאן אם מנתחים את הגוף, ולא ניתן לראותן אפילו בעזרת המקרוסקופ המשוכלל ביותר. סונדאר יוצא בספרו "ליה-יוגה" נגד טענה זו ואומר שאיננו רואים בכל מקרה את כל מה שקיים באורגאניזם ואפילו כאשר אנו בוחנים את המבנה המולקולרי של הגוף אנו רואים שמעל המולקולה ישנם עוד שני רבדים אטומים, וחלקיקיהם האלמנטרים. אנו מסוגלים לראות את האטומים אך לא את החלקים התת אטומים. כך שהעובדה שאיננו מסוגלים לראות את הצ’אקרות בעיניים  עדיין לא מבטלת את עובדת  קיומן. ניתן לראות ולחוות את הצ’אקרות רק במצב של ריכוז עמוק ולשם כך העוסקים בהתבוננות על הצ’אקרות מתרגילים תרגילי ריכוז במשך תקופות ארוכות.
אפשר למצוא מכנה משותף בין היוגים המנסים לחרוג מעבר לחושים ומנסים להגיע לרבדים עדינים יותר ויותר בתוך עצמם לבין הפיסיקאים המודרנים החודרים יותר ויותר לנבכי החומר הנמצא מעבר לתפיסה החושית. במאה העשרים הצליחו הפיסיקאים לחקור את טבעו של החומר בדרך ניסויית, בעזרת טכנולוגיה מתוחכמת הם הצליחו להגיע ליסודות הבניין של החומר. בהתחלה אומת קיומו של האטום ואח"כ התגלו הגרעין והאלקטרונים ולבסוף מרכיבי הגרעין - הפרוטון, הנאוטרון ועוד חלקים תת אטומים רבים. המכשירים העדינים והמורכבים חדרו לתוך חלקי מציאות הרחוקים מרחק רב מסביבתנו המקרוסקופית, והפכו עולם זה נגיש לחושינו. חקירה זו נעשתה בשרשרת תהליכים המסתיימת בקליקים של מונה גייגר או נקודה שחורה על לוח צילום. מה שאנו רואים ושומעים אינו התופעות הנבחנות בעצמן, אלא תוצאותיהן. העולם האטומי והתת אטומי משתרע הרחק מעבר לתפיסתנו החושית. בעזרת מכשירי המדידה אנו מסוגלים לצפות בתכונות האטום ומרכיביו בדרך עקיפה וכך לחוש במידת מה את העולם התת אטומי. (קאפרה,1996). התנסות זו אינה שגרתית כמו של סביבתנו היום יומית. הידע אודות החומר ברמה הזו אינו נגזר עוד מניסיון תחושתי ישיר ומישום כך שפתנו היום יומית הנוטלת את דימוייה מעולם החושים אינה מתאימה לתיאור התופעות הנצפות.

בחקירת מבנה האטום ובחדירה לתוכו עבר המדע אל מעבר לדמיון חושינו. מנקודה זו ואילך לא יוכל המדע לסמוך בוודאות על ההיגיון והשכל הישר. הפיסיקה האטומית ספקה למדע הזדמנות ראשונה להציץ אל יסודות טבעם של הדברים. כמו המסטיקנים החלו עתה הפיסיקאים להתמודד עם החוויה הבלתי חושית של המציאות. בדומה למסטיקנים היה עליהם להתמודד עם ההיבטים הפרדוכסליים של התנסות זו. מכאן ואילך הפכו הדימויים של הפיזיקה המודרנית קרובים לאלו של הפילוסופיה של המזרח. (קאפרה,1996,עמ’ 53 )

לאתר של אודי בילו,  מנהל בית הספר לבריגהו יוגה
מרכז את קורס הכשרת מורים ליוגה בסמינר הקיבוצים.